Además de la duda metódica, el gran problema al que tuvo que enfrentarse Descartes fue el de la existencia de Dios. Por el cogito ergo sum había llegado a la certeza de que el yo, como pensamiento, existía, pero ¿existía algo más a parte de mí? ¿Cómo saber con certeza que las demás ideas que hallo en mí se corresponden con otras realidades distintas de mi propio pensamiento?
De entre todas esas ideas prestó atención, en primer lugar, a la idea de Dios. Para el gran pensador, padre de la filosofía moderna, el motivo era sencillo: si Dios existe como genio maligno que me hace errar en todo acto de conocimiento, será imposible alcanzar cualquier otra certeza más allá de la del cogito. “Por Dios entiendo una substancia infinita, eterna, inmutable, independiente, omnisciente, omnipotente, que me ha creado a mí mismo y a todas las demás cosas que existen (si es que existe alguna). Pues bien, eso que entiendo por Dios es tan grande y eminente, que cuanto más atentamente lo considero menos convencido estoy de que una idea así pueda proceder sólo de mí. Y, por consiguiente, hay que concluir necesariamente, según lo antedicho, que Dios existe. Pues, aunque yo tenga la idea de substancia en virtud de ser yo una substancia, no podría tener la idea de una substancia infinita, siendo yo finito, si no la hubiera puesto en mí una substancia que verdaderamente fuese infinita”.
La única causa posible de la idea de Dios que hay en nosotros, en nuestro yo pensante, es que Dios existe. Él ha puesto en nosotros esa idea, ya que “es cosa manifiesta, en virtud de la luz natural, que debe haber por lo menos tanta realidad en la causa eficiente y total como en su efecto”. Yo, finito e imperfecto, no puedo ser la causa de la idea de Dios, infinita y perfecta. Sobre la idea de Dios volverá en otra de sus meditaciones, donde presentará otro argumento a favor de su existencia: “la existencia y la esencia de Dios son tan separables como la esencia de un triángulo rectilíneo y el hecho de que sus tres ángulos valgan dos rectos, o la idea de montaña y la de valle”, es decir, la existencia es una nota constitutiva de la esencia de Dios. No se puede tener la idea de Dios sin admitir al mismo tiempo su existencia. Descartes retoma, de este modo, el argumento de San Anselmo que Kant denominaría “ontológico”.
Al mismo tiempo, la existencia de Dios se va a convertir para Descartes en la garantía de la posibilidad del conocimiento cierto de las demás realidades. Es el paso siguiente de sus meditaciones. Dios es tal que “posee todas esas altas perfecciones, de las que nuestro espíritu puede alcanzar alguna noción, aunque no las comprenda por entero, y que no tiene ningún defecto ni nada que sea señal de imperfección. Por lo que es evidente que no puede ser engañador, puesto que la luz natural nos enseña que el engaño depende de algún defecto”. Si Dios es perfectísimo debe de ser bueno. Queda entonces descartada la hipótesis del genio maligno que paralizaba el avance de la indagación. Y todavía más: si Dios es bueno, las facultades cognoscitivas de las que me ha dotado no me pueden engañar. De lo contrario, Dios sería el responsable, en última instancia, de tal engaño. La razón humana es finita, pero también objetiva. El error será fruto, no de una deficiente naturaleza de la razón con la que me ha dotado Dios, sino del mal uso que el ser humano puede hacer de ella. Dios, cuyo nombre se invocaba para obstaculizar la expansión de las nuevas teorías científicas sobre el universo, aparece aquí como el garante de nuestra capacidad cognoscitiva.
La claridad y distinción encontradas en el cogito, primero, y en la idea de Dios, después, junto con la correcta aplicación del método habrán de llevarme a descubrir nuevas ideas claras y distintas y a progresar, así, con paso firme y seguro en la consecución de un conocimiento cierto, verdadero y definitivamente fundamentado. En la quinta meditación Descartes analiza las ideas que encuentro en mí referidas a cosas que parecen existir fuera de mí. De dicho análisis concluye que de todas las propiedades que se me presentan como pertenecientes al mundo material, sólo una se me presenta con claridad y distinción: la extensión (el hecho de que se dan en el espacio, que ocupan un lugar). Todas las demás propiedades como figura, movimiento, color, sabor, peso, dureza o sonido son secundarias, pues de ellas no puedo tener una idea clara y distinta. En consecuencia, toda la realidad queda dividida en dos únicas sustancias: la res cogitans (el pensamiento) y la res extensa (el mundo material).